Vuosikymmenten takaiset tapahtumat nousevat pintaan, kun Islannissa löytyy tapettu taksikuski. Jäljet johtavat sota-aikaan, natseihin ja Josef Mengeleen. Vuonna 1942 kenttälääkäri pelastaa sotilaan palavasta panssarivaunusta. Hänen nimensä on Karl Günther Schmidt, ja kenttälääkäri on tohtori Josef Mengele. Miehet tapaavat taas sodan jälkeen molempien ollessa pakomatkalla. Kolmekymmentäviisi vuotta myöhemmin Reykjavikissa nuori poliisietsivä Hédinn Vernhardsson alkaa tutkia kylmäveristä taksinkuljettajan murhaa. Uhri oli tunnettu natsien yhteistyökumppani Kööpenhaminassa sodan aikana.Selviää, että tapetun taksikuskin kotona asuu saksalainen Karl Günther Schmidt. Pian etsivä Vernhardsson huomaa sotkeutuneensa johonkin suurempaan kuin yhteen murhaan, salaliittoon, jolla on maailmanlaajuiset vaikutukset. Mies varjoista on toinen osa Jäämaa-dekkarisarjassa, jossa poliisi Hédinn jahtaa Islannissa tapahtuvien raakojen murhien tekijöitä. Näyttämönä toimii Islannin jylhä ja arvaamaton luonto.